Người khai sáng Đạo Phật Giáo Hòa Hảo chủ trương hoà bình là mục tiêu tối thượng của đường lối đấu tranh của Ngài.   Tuy nhiên, nếu muốn được hòa bình, thì điều tiên quyết là phải đánh đuổi giặc xâm lăng ra khỏi bờ cõi, vì ngày nào chúng thống trị trên đất nước của Ngài, thì các cơ sở tôn giáo và các quyền tự do liên hệ cũng không thể phát triển được, trái lại nhiều vắn đề xã hội đạo đức phát sinh không kiểm soát được, khiến đất nước bị băng hoại từ thể chắt đến tinh thần. Vì thế, không phải vì hiếu chíến mà có quân đội, mà là để phục hồi độc lập là nền tảng để bảo vệ cơm no áo ấm cho người dân và từ đó mới phát triển nền tảng giá trị tình thần và đạo đức của một dân tộc được.

Trong thời gian tại thế, Đức Huỳnh Giáo Chủ luôn luôn chủ trương đoàn kết dân tộc, nên Ngài đ̣ã thành lập cũng như gia nhập nhiều tổ chức liên hiộp các đảng phái để mưu cầu đạt được sự thống nhất các tiềm năng dân tộc để chống ngoại xâm một cách hữu hiệu hơn.  Tránh cảnh người đồng chủng giết hại người đồng chủng chỉ có lợi cho bọn thực dân.  Ngài không chủ trương đấu tranh giai cấp và dùng các biện pháp cải cách ruộng đất cực đoan khiến nhiều địa chủ bị hàm oan và giết hại một cách thả̀m khốc.   Trong bưc tranh vô chánh phủ với nhiều thế lực cạnh tranh quyền lãnh đạo, trong ̣đó có phong trào Quốc Tế Cộng Sản đội lốp tranh đấu cho dân tộc mang nhãn hiệu Việt Minh, các làng xã cần phải có bộ đội bảo an quân để tự vệ, hầu tránh cảnh bị tấn công trong hoàn cảnh hầu như vô chính phủ của Việt Nam. Dù vậy, để tránh cảnh đổ máu giữa bộ đội bảo an và Việt Minh cộng sản, huynh đệ tương tàn, một khi không còn hy vọng giảng hòa nữa với Việt Minh, Ngài đã lựa chọn giải pháp vắng mặt lâu dài.  Sau một phiên họp với đại diện Việt Minh tại Ba Răng, Đốc Vàng, Se Đéc, ngày 16-04-1947, không ai biết rõ những gì xảy ra quanh biến cố đó, mà Đức Giáo Chủ vắng mặt cho đến nay.